海关按照国家规定对加工贸易货物实行担保制度，即要求加工贸易经营企业将等值于保税料件进口环节关税和增值税金额存放指定银行作为担保，实行台账管理，即通常所说的“银行保证金台账”。
    经营企业持外经贸主管部门的《加工贸易业务批准证》至海关，开具《开设保证金台账联系单》，按合同备案料、件金额向中国银行申请设立加工贸易进口料件保证金台账。
    目前中国银行是唯一授权办理开设加工贸易进口料件银行保证金台账业务的银行，其他银行均不受理该项业务。根据银行保证金台账制度的有关规定，经营加工贸易企业一律向加工生产企业主管海关所在地的中国银行分（支）行申请开设银行保证金台账。
    加工贸易企业设立台账时分为“实转”和“空转”两种。“实转”是指企业在以加工贸易方式进口敏感商品时，或违规企业以加工贸易进口料件时，海关按进口关税和进口环节增值税等值收取保证金，在加工制成品出口核销后，再将保证金及利息一同返还。“空转”指对风险较低的加工贸易设立台账，但不实际支付保证金。根据海关对企业的分类管理办法，企业分为AA、A、B、C、D五类。AA类和A类企业在开展加工贸易业务时，实行银行保证金台账“空转”；B类企业实行银行保证金台账50%“实转”；C类企业实行银行保证金台账100%“实转”，即相当于足额交付等值于加工贸易合同项下进口环节关税和增值税税款的保证金；D类企业不允许开展加工贸易业务。
    如果企业在规定的期限内（包括经批准延长的期限）加工成品全部出口，经海关核销合同后，由海关通知中国银行核销保证金台账，并将保证金及其活期存款利息全部退还给企业。
    特殊情况下，加工贸易保税料件或制成品并未最终出口，而是内销的，企业需缴纳相应税款和缓税利息。经企业申请，主管海关签发《加工贸易货物内销征税联系单》，选择征收缓税利息的适用利率种类为“活期存款”。经营企业凭《加工贸易货物内销征税联系单》和《内销报关单》（备注栏注明“活期”字样）向海关办理通关手续。海关审核纸质或电子数据无误后，办理内销货物审单、征税、放行等海关手续。办结海关手续后加工贸易保税料件或制成品才可以内销，进入国内市场。加工贸易缓税利息以海关税款缴款书填发时中国人民银行公布的活期存款利率为准，按日征收，自合同项下首批料件进口之日起，至海关填发税款缴款书之日止。
    企业未报海关审批即内销加工贸易保税货物的，海关视为违规内销，除补征税款和缓税利息外，还要加征滞纳金，终止日期为保税料件或制成品内销之日。
    加工贸易进口料件实行银行保证金台账制度是国务院批准的一项重要的监管制度，可以充分发挥海关、银行等部门的监督作用，加强综合管理，制止打击加工贸易渠道的走私违法活动，保证国家税收，促进加工贸易的健康发展。