实行“免、抵、退”税管理办法的生产型出口企业在货物报关出口后，发生退运的，根据国家税务总局2012年第24号公告规定，生产企业出口货物报关离境后因故发生退运、且海关已签发出口货物报关单的，企业要凭税务部门出具的《出口货物退运已办结税务证明》向海关申请办理退运手续。根据国家税务总局2013年第12号公告中的规定，已申报免抵退税的出口货物发生退运，及需改为免税或征税的，应在上述情形发生的次月增值税纳税申报期内用负数申报冲减原免抵退税申报数据，并按现行会计制度的有关规定进行相应调整。即自2013年4月1日起，跨年度的退运业务不再补征免抵退税款。
本年度出口货物在本年度发生退运时
    1．用退运货物的原出口销售额冲减当期出口销售收入：
    借：应收账款（或银行存款等科目）（红字）
    贷：主营业务收入——免抵退出口收入（红字）
    2．调整已结转的退运货物成本：
    借：主营业务成本（红字）
    贷：库存商品（红字）
    退运货物应在“出口退税申报系统”中进行负数申报，这样申报系统在计算“免抵退税不得免征和抵扣税额”时就包含了退运货物，所以在账务处理上可以不对该退运货物原来已核算的免抵退不得免征和抵扣税额单独冲减“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”及“主营业务成本”，而是在做退运处理当月月末将《免抵退申报汇总表》中的“免抵退税不得免征和抵扣税额”（已扣除退运货物部分）一次性由“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”结转至“主营业务成本”中。
以前年度出口货物在本年发生退运时（按2013年12号公告不再补征原免抵退税款）
    1．将退运货物按原出口销售额冲减出口收入，记人“以前年度损益调整”：
    借：应付账款（或银行存款等科目）（红字）
    贷：以前年度损益调整（红字）
    2．调整已结转的退运货物销售成本：
    借：以前年度损益调整（红字）
    贷：库存商品（红字）
    3．按原申报时不予免征和抵扣税额作账务处理如下：
    借：以前年度损益调整（红字）
    贷：应交税费——应交增值税（进项转出）（红字）