按现行政策规定来料加工贸易方式下加工费收入是免税的，不计提销项税额，并且用于来料加工的原材料、零部件等的进项税额不得抵扣，直接计入成本。如果企业既有来料加工、又有一般贸易、内销等业务，则必须注意应税、免税业务共用进项税额的进项转出问题。《增值税暂行条例实施细则》第二十六条计算公式如下：

操作实例
    【例】某具有进出口经营权的生产性企业（增值税一般纳税人），2013年4月一般贸易出口销售额离岸价50万美元（当期单证齐全且信息齐全），出口当月1日汇率中间价100美元=630元人民币，来料加工加工费收入10万美元，内销产品销售收入额为100万元人民币（该产品增值税征税率为17%，退税率为13%）。账上显示上期留抵税额40万元，当期取得的电费（生产用）增值税专用发票上注明的不含税价为29. 4118万元，税额为5万元（不能准确划分应税、免税耗用），当期购进原材料取得的增值税专用发票上注明的不含税价为17. 6471万元，税额为3万元。
    (1)外销收入的确认：
    ①一般贸易：500 000 x6.3 =3 150 000（元）
    借：应收账款——某外商    3 150 000
    贷：主营业务收入——免抵退税出口收入    3 150 000
    ②来料加工：100 000 x6.3 =630 000（元）
    借：应收账款——某外商    630 000
    贷：主营业务收入——免税出口收入    630 000
    (2)内销销售收入确认：1 000 000 x17% =170 000（元）
    借：应收账款——国内某企业    l  170 000
    贷：主营业务收入——内销收入    1 000 000
    应交税费——应交增值税（销项）    170 000
    (3)购进原材料：
    借：原材料    176 471
    应交税费——应交增值税（进项）    30 000
    贷：银行存款206 471
    (4)购进生产用电：
    借：制造费用    294 118
    应交税费——应交增值税（进项）    50 000
    贷：银行存款    344 118
    实例中资料显示生产用电既用于免税又用于应税项目，因此50 000元进项税额应在应税和免税之间进行划分，按《增值税暂行条例实施细则》第二十六条计算公式将免税用进项税额作进项转出处理，即：
  50 000×630 000/(630 000 +3  150 000 +1 000 000)  =6 590（元）
  借：主营业务成本    6 590
    贷：应交税费——应交增值税（进项转出）    6 590
    (5)不得免征和抵扣税额：500 000×6.3×（17% - 13%）=126 000（元）
    借：主营业务成本    126 000
    贷：应交税费——应交增值税（进项转出）    126 000
    (6)应纳或应退税额的计算
    应纳税额=17 - (40 +5 +3 -0. 659 -12. 6)=-17. 741（万元）
    免抵退税额=50 x6.3×13% =40. 95（万元）
    应退税额= 17. 741（万元）免抵额=23. 209（万元）（可不作账务处理）
    借：其他应收款——应收出口退税（增值税）    177 410
    贷：应交税费——应交增值税（出口退税）    177 410